Auf deutscher Seite betrifft dies die Hauptzollämter Dresden, Erfurt, Regensburg und Landshut und auf tschechischer Seite die Zollämter der Regionen Liberec, Ústí nad Labem, Karlovy Vary, Plzeň und Jihočeský kraj.
Die Zusammenarbeit der Bundesrepublik Deutschland mit der Tschechischen Republik bei der Verfolgung grenzüberschreitender Straftaten und Ordnungswidrigkeiten regelt sich nach dem 2016 in Kraft getretenen deutsch-tschechischen Polizeivertrag. Auf dieser Grundlage arbeiten die Zollbehörden im deutsch-tschechischen Grenzraum eng zusammen. Sie führen gemeinsame Kontrollen durch, unterstützen sich bei grenzüberschreitender Nacheile und praktizieren gemeinsame Aus- und Fortbildungen.
Die Zusammenarbeitsvereinbarung regelt nunmehr insbesondere die operativen Aspekte der Zusammenarbeit der deutschen und tschechischen Kontrolleinheiten und ergänzt die rechtlichen Regelungen des Vertrages durch konkrete Bestimmungen für die Durchführung der gemeinsamen Kontrollen.